Calvisius vokste opp i beskjedne kår med en far som var daglønnet landarbeider. Opprinnelig var det meningen at Calvisius skulle gå i veverlære, men trangen til å ta en utdanning var så sterk at han i 1569 begynte på skolen i Frankenhausen og i 1572 i Magdeburg.
På anbefaling av Nikolaus Selnecker og det samlede teologiske fakultetet ved universitetet i Leipzig, ble han i november 1582 utnevnt til kantor ved Landesschule Pforta i dagens Naumburg. En av de mer kuriøse reformene han innførte der var motettesang under fellesmåltidene. Samtidig drev han kronologisk-historiske studier og underviste i musikk og latin. I 1594 vendte han tilbake til Leipzig for å ta over den prestisjefylte posten som kantor ved Thomasschule zu Leipzig etter Valentin Otto. Han var også kantor ved begge hovedkirkene i byen.
Calvisius var en betydningsfull astronom. I hovedverket Opus Chronologicum... (Leipzig, 1605, 7. utgave 1685) presenterte han et system basert på observasjoner av nesten 300 formørkelser og i Elenchus Calendarii Gregoriani (Frankfurt, 1612) foreslo han en raffinert, men lite praktisk, kalenderreform.
Han gav også ut en bok om musikk, Melodiae condendae ratio (Erfurt, 1592), og skrev korstykker, eksempelvis Unser Leben währet siebzig Jahr.
Calvisius sto på vennskapelig fot med flere av tiden størrelser; blant dem Johannes Kepler.
Verk
Harmonia cantionum ecclesiasticarum, Kirchengesänge u. geistliche Lieder D. Lutheri u. andrer frommen Christen, Mit 4 Stimmen contrapunktweise richtig gesetzt. Leipzig 1597, 1598, 1605, 1612 og 1622
Melopoiia sive melodiae condendae ratio. Erfurt 1592 og 1630
Compendium musicae practicae. Leipzig 1594, også som Musicae artis praecepta (1612)
Exercitatio musica tertia. Leipzig 1611
Exercitationes musicae duae. Leipzig 1600
Hymni sacri Latini et Germanici. Erfurt 1594
Der Psalter Davids. bearbeidet av Cornelius Becker, Leipzig 1605
Der 150. Psalm Davids. Leipzig 1615
Opus chronologicum ex autoritate s. scripturae ad motum luminarium coelestium contextum. Leipzig 1605 og siste utgave Frankfurt 1685 i seks opplag
Elenchus calendarii Gregoriani. Leipzig 1613
Formula calendarii novi. Leipzig 1613
Thesaurus latini sermonis. Leipzig 1614
Enchiridion lexici Latino-Germanici. Leipzig 1614
Tricinia, Auserlesene deutsche Lieder. redigert av Paul Rubardt, 1949
10 motetter, redigert av Albrecht Tunger, 1965.
Biciniorum libri duo, Leipzig 1612
Innspillinger
CD – «Freut euch und jubilieret!» (Geistliche Vokalmusik von Sethus Calvisius), Vocalconsort Leipzig, Ensemble Noema Leipzig, Leitung Gregor Meyer, 2009
