San Juan City (filipino: Lungsod ng San Juan) er en by på øya Luzon på Filippinene. Den er del av metropolregionen Manila. Før den ble del av denne regionen var den den av provinsen Rizal. Folkemengden var i 2015 på 122 180 innbyggere.
Byen kalles også kort for San Juan, og langt for San Juan del Monte. Oppkallingen er etter Johannes døperen.