San José del Guaviare er en by og hovedstad i provinsen Guaviare i det sentrale Colombia. Byen ligger ved elva Guaviare, på østsiden av Andesfjellene, rundt 400 km sørøst for Bogotá. Den ble grunnlagt i 1910 og fikk bystatus i 1976. Byen har 34 863[1] innbyggere (2005). Hele kommunen, med et areal på 13 912 km², hadde 53 994 innbyggere (2005).
Byens næringsliv er i hovedsak basert på jordbruksområdene rundt, hvor det produseres bananer, maniok, kakao og gummi. De viktigste håndverksproduktene er koster og børster basert på fiber fra chiquichiqui-palmen, samt andre produkter som hovedsakelig fremstilles av områdets urbefolkning. Fiske og husdyrhold er også viktig for regionens økonomi.
Provinsens eneste lufthavn ligger like ved byen, og flyselskapet Satena har daglige flyvninger til Bogotá. Byen er knyttet til veinettet i resten av Colombia via en hovedvei mot nordvest. Byen har ikke jernbaneforbindelse. Elva Guaviare er også en viktig transportåre for byen og distriktet rundt.
