Han ble uteksaminert med laud fra Yale University som 18-åring, og etter å ha tjenestegjort en tid i United States Army, tok han mastergrad ved University of Chicago. Deretter tok han doktorgrad ved Harvard University, hvor han begynte å undervise som 23-åring i 1950. Huntington underviste ved Harvard University 1950–1959, og var professor i statsvitenskap og visedirektør ved Institutt for krigs- og fredsstudier ved Columbia University 1959–1963. I 1963 kom han tilbake som professor ved Harvard University, hvor han ble værende til sin død i 2008.
Huntington var tidligere kjent for sine analyser av sivile og militære regimer, ikke minst i Latin-Amerika. Han ble først kjent i 1960-årene, da han hevdet at økonomisk fremgang ikke uten videre vil føre til demokrati i tidligere kolonier i den tredje verden. Første gang Huntington lanserte teorien om «sivilisasjonenes sammenstøt», var i en artikkel i tidsskriftet Foreign Affairs i 1993. Teorien ble siden bearbeidet i bokform, og har øvet stor innflytelse på samfunnsdebatten siden 1990-årene.
Huntington, Samuel P. (2007). Civilisationernes sammenstød : mod en ny verdensorden (på dansk) (2 utg.). People's Press. ISBN87-7055-147-2.
Huntington, Samuel P. (2006). Civilisationernas kamp : mot en ny världsordning (på svensk). Stockholm: Bokförlaget Atlantis. ISBN91-7353-072-7.
Huntington, Samuel P. (2004). Who Are We? The Challenges to America's National Identity (på engelsk). New York: Simon & Schuster. ISBN0-684-87053-3.
Huntington, Samuel P.; Harrison, Lawrence E., red. (2000). Culture Matters: How Values Shape Human Progress (på engelsk). New York: Basic Books. ISBN0-465-03175-7.CS1-vedlikehold: Flere navn: redaktørliste (link)
Huntington, Samuel P. (1996). The Clash of Civilizations and the Remaking of World Order (på engelsk) (1 utg.). New York: Simon & Schuster. ISBN0-684-81164-2.
Huntington, Samuel P. (1993). «The Clash of Civilizations?». Foreign Affairs (på engelsk) (3): 22–49.
Huntington, Samuel P. (1991). The Third Wave: Democratization in the Late Twentieth Century (på engelsk). University of Oklahoma Press. ISBN0-8061-2516-0.
Huntington, Samuel P. (1981). American Politics: The Promise of Disharmony (på engelsk). Cambridge: Belknap Press. ISBN0-674-03020-6.
Huntington, Samuel P.; Crozier, Michel; Watanuki, Joji (1975). The Crisis of Democracy: On the Governability of Democracies (på engelsk). New York University Press. ISBN0-8147-1364-5.CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)
Huntington, Samuel P. (1968). Political Order in Changing Societies (på engelsk). Yale University Press. ISBN0-300-01171-7.
Huntington, Samuel P. (1961). The Common Defense: Strategic Programs in National Politics (på engelsk). Columbia University Press. ISBN0-231-02518-1.
Huntington, Samuel P. (1957). The Soldier and the State: The Theory and Politics of Civil-Military Relations (på engelsk). Cambridge: Belknap Press. ISBN0-674-81736-2.