Hans fysiske og mentale helse ble dårligere på grunn av vanskelighetene i bispedømmet, polarisering innen presteskapet, mangfoldet av pastorale opplevelser og krigsscenariet som regionen opplevde i løpet av tiåret.
Uvanlig fratreden
Han trakk seg fra embedet den 6. mars 1990. Etter dette forlot han landet; i 1995 var han etter det som fremkom av korrespondanse i Mexico by. En fratreden under slike forholdene var så langt den eneste kjent i Nicaraguas kirkehistorie. Prelaten var 54 år gammel da han kommuniserte sin avgjørelse til Roma, og 56 år da den ble innvilget. Rubén López Ardón var siden han var ganske problemer med halsen. Han reiste stadig til Mexico for behandling. Den siste turen han tok var i 1987, og fra den vendte han aldri tilbake. «Monsignor kuttet radikalt all kontakt med Estelí, og jeg tror til og med med Nicaragua, for ikke engang etter morens død (Antonia Ardón) var han til stede», uttalte monsignor Juan Abelardo Mata Guevara, den etterfølgende biskop av bispedømmet Estelí.
