Wegner har skrevet flere lærebøker om juridiske og politifaglige emner, og bøker og artikler innen slekts- og lokalhistorie samt politi- og fengselshistorie.
Fra 1992 til 2001 var Wegner politimester i Bergen.[5][6] I Bergen var Wegner kjent for å gå ut på gatene og snakke med folk. Han ble også kjent for å bruke tversoversløyfe.
I 2001 gjennomgikk politiet en omorganisering som medførte større distrikter og færre politimestre. Wegner søkte om jobben som politimester for Bergen og Hordaland, men jobben gikk til Vidar Refvik, som var ekspedisjonssjef i Justisdepartementet. Wegner fratrådte stillingen som politimester i Bergen ved årsskiftet 2001–2002, og var deretter fristilt politimester som sto til disposisjon for Justisdepartementet og Politidirektoratet, frem til han gikk av med pensjon i 2010. I denne perioden og senere har han skrevet flere fagbøker om politistrategi og strafferett.
Fagereng-saken
Wegner spilte en sentral rolle i den såkalte Fagereng-saken på 1990-tallet, da han prøvde å forhindre det som senere ble kjent som et justismord.
Bakgrunnen for saken var at daværende rådmann i Bergen Ragnar Fagereng og hans familie ble terrorisert av en torpedo. Politiet mistenkte at ekteparet Fagerengs anmeldelser av innbrudd og tyverier var et forsøk på forsikringssvindel. Ragnar Fagereng og hans ektefelle ble dømt i byretten. Ragnar Fagereng ble senere frikjent i lagmannsretten. Ektefellen Anne-Grete Fagereng ble dømt til fengsel for forsikringssvindel og falske anmeldelser også i lagmannsretten.
Wegner mente at ekteparet Fagereng var uskyldige og forsøkte å overbevise underordnede tjenestemenn om å stanse straffeforfølgelsen av ekteparet. Dette førte til at Wegner ble kritisert for å blande seg inn i og forsinke etterforskningen av Ragnar Fagereng. En anmeldelse av Wegner til SEFO fra seks underordnede tjenestemenn ble henlagt av Riksadvokaten etter bevisets stilling. Wegner var parallelt svært populær blant innbyggerne i Bergen. Da det ble kjent at hans etterfølger skulle gå av i 2004, viste en undersøkelse i BA-parlamentet at mer enn 60 % av bergenserne ønsket Wegner tilbake som politimester.[7]
I 2006 fortalte torpedoen Stian Njøten at han hadde terrorisert familien Fagereng og lurt politiet til å etterforske Ragnar Fagereng og hans kone. Ifølge Njøten var ekteparet Fagereng uskyldig i alle anklagene.[8] I 2010 ble Fagereng-saken besluttet gjenopptatt av Gjenopptagelseskommisjonen.[9] I Agder lagmannsrett ble Anne-Grete Fagereng i 2011 frikjent på alle punkter. I et forlik med Justisdepartementet i 2014 ble hun tilkjent over 3 millioner kroner i erstatning.[10]
Han fikk Klar Tale-prisen i 1996, etter at Bergenspolitiet hadde godkjent demonstrasjon mot den kinesiskepresidenten under dennes besøk i byen. Da han ble spurt om han var klar over at kinesiske myndigheter ikke liker demonstrasjoner, svarte han at «her i Bergen er det jeg som bestemmer».[13]
Haakon B. Schrøder, Finn Bjørn Tønder, Kammerspill : en thriller med Rolf B. Wegner i hovedrollen, Fagbokforlaget, 1997, ISBN 9788276743852, om Fagereng-saken i Bergen på 1990-tallet