Han tok makten under en festival til Hera med sine brødre Pantagnotos og Syloson, men fikk snart drept Pantagnotos og sendte Syloson i eksil og tok full kontroll. Han allierte seg så med Amasis II, farao i Egypt, i tillegg til tyrannen Lygdamis av Naxos. Med en marine på 100 pentekontere og en hær på 1000 bueskyttere, plyndret han øyene i Egeerhavet og byene på den joniske kysten av Lilleasia der han beseiret marinene til Lesbos og Milet. Han erobret også den lille øya Rhenea som han knyttet til nærliggende Delos som et offer til Apollon.
Han hadde et rykte som både intens kriger og opplyst tyrann. På Samos bygget han en akvedukt, et stort tempel til Hera (som Amasis dedikerte mange gaver til) og et palass som senere ble gjenoppbygget av den romerske keiseren Caligula. I 522 f.Kr. feiret han en uvanlig dobbel festival til ære for guden Apollon av Delos og av Delfi. Det ble antydet at den homeriske hymnen til Apollon, noen ganger tillagt Kynaithos av Khíos, ble satt sammen for denne anledningen.[5] Polykrates var beskytter av poeten Anakreon og den krotonske legen Demokedes.
^Walter Burkert, «Kynaithos, Polycrates and the Homeric Hymn to Apollo» i Arktouros: Hellenic studies presented to B. M. W. Knox red. G. W. Bowersock, W. Burkert, M. C. J. Putnam (Berlin: De Gruyter, 1979) s. 53-62.
