Beckx var sønn av en skomaker. Han gikk på latinskole i Zichem, og fra 1815 på jesuittenes kollegium i Mechelen, der han den 7. mars 1819 mottok prestevielsens sakrament.
Den 29. oktober 1819 ble Beckx medlem av jesuitterordenen. Etter sjelesørgerisk virke i Hamburg, Hildesheim og Braunschweig ble han professor i kirkerett i Hildesheim.
Han ble i 1825 kapellan hos Ferdinand Fredrik av Anhalt-Köthen, som kort tid før var blitt katolikk. Beckx kom i 1830 til Wien og ble i 1852 provisial for Østerrike.
Generalsuperior
Året etter ble han ordenens generalsuperior. I de 24 år som Beckx leder jesuitterordenen, ble ordenens medlemstall fordoblet, og ble det opprettet nye ordensprovinser i Irland, Frankrike, Spania, Portugal og Amerika. Jesuittene gjorde seg også mer gjeldende i protestantiske områder, og fikk i det hele tatt en større gjennomslagskraft - noe som også kunne tilskrives pater Beckx' lederskap. Men samtidig ble jesuittene fordrevet fra flere land.
I 1873 flyttet Beckx og ordenens moderhus til Fiesole ved Firenze. Etter eget ønske fikk Beckx i 1884 stilt Antonius Anderledy ved sin side, cum iure successionis. Dette betød at pater Anderledy overtok i praksis meget av ledernsvaret og at han allerede på Beckx' dødsdag kunne utopes ril ny ordensgeneral.
Beckx skrev blant annet andaktsboken Der Monat Maria (1838, utgitt i mange opplag og på mange språk).