Guerrero begynte som profesjonell fotballspiller på de lavere nivåene av det peruanske liga-systemet. Hans første kontrakt var med Alianza Lima, der han scoret over 200 mål. I 2002 signerte Guerrero en kontrakt med den tyske fotball-giganten Bayern München. I løpet av 2003/2004-sesongen spilte Guerrero for klubben Regionalliga Süd, der han spilte 23 kamper og scoret 21 mål.
Guerrero sluttet i Hamburg SV i 2006 til fordel for Bayern München. Hans første sesong i hans nye klubb ble i stor grad skjemmet på grunn av skader, som gjorde at han ikke fikk spille halve sesongen, og han hadde lav produktivitet og få mål, i resten av sesongen. I løpet av 2004/2005-sesongen ble Guerrero, sammen med sin landsmann Claudio Pizarro, valgt ut på førstelaget til Bayern München. I juni2006 ble det annonsert at Guerrero hadde blitt overført til klubben Hamburger SV, og at han hadde signert en kontrakt som varte gjennom hele 2010-sesongen.
Den 8. desember 2017 ble han utestengt 1 år for doping. Han testet positivt for kokain. Utestengelsen gjelder fra 3. november 2017.[5]
