St. Mirin grunnla en kommunitet på dette stedet på 600-tallet. I årene etter hans død ble hans helgenskrin etter hvert et pilegrimsmål og sted for tilbedelse. Navnet Paisley kan stamme fra det brytonske ordet Passeleg, som kan komme fra det greskebasilica, altså en viktig kirke. Dette kan tyde på at området tidlig har hatt en viktig kirkelig funksjon, men dette er ikke dokumentert.
Paisley vokste så raskt at klosteret fikk en høyere status, som abbey i 1245. Munker fra Paisley grunnla Crossraguel Abbey i Carrick i Ayrshire i 1244. I 1307 sørget Edvard I av England at klosteret ble brent, men det ble gjenoppbygget senere på 1300-tallet. William Wallace ble født i Elderslie ikke langt unna, og det blir antatt at han fikk deler av sin utdannelse som ung gutt i Paisley Abbey.[5]
I 1316 var Marjorie Bruce, datter av Robert I av Skottland hustru til Walter Stewart, 6. High Steward av Skottland på ridetur ved klosteret. Hun var langt ute i en graviditet på den tiden, da hun falt fra hesten og ble tatt med til Paisley Abbey hvor hun fødte den framtidige kong Robert II. Imidlertid døde Marjorie Bruce som følge av fødselen og er begravet i klosteret. I klosteret er det funnet tegn som tyder på at barnet ble forløst med keisersnitt, lenge før anestesi var tilgjengelig. En varde på hjørnet av Dundonald Road og Renfrew Road, rundt 1,5 kilometer nord for klosteret markerer stedet hvor hun skal ha falt av hesten.
I 1491 ga abbed George Shaw, på vegne av paven og i nærvær av relikvieneabsolusjon til Jakob IV av Skottland og andre som var involvert i drapet på Jakob III under slaget ved Sauchieburn i 1488. I 1499 hadde Shaw fått bygget et nytt og større pilegrimskapell og fått laget steinfrisen som fortsatt kan sees i dag, og som viser scener fra St. Mirins liv. Den var opprinnelig malt i sterke farger og kan ha vært en del av det bakre panelet for et alter før det ble hengt opp på veggen som en frise.[6] Klosteret var til munkenes disposisjon helt fram til reformasjonen i Skottland i 1560.[7]
En rekke branner og sammenrasing av tårnet på 1400- og 1500-tallet gjorde at bygningen etter hvert framsto delvis som en ruin. Selv om den vestlige fløyen fortsatt ble benyttet til messer, ble stein fra den østlige fløyen plyndret. Fra 1858 til 1928 ble den nordlige tårnbygningen og det østlige koret gjenoppbygget på grunnlag av de raserte veggene av arkitekten Macgregor Chalmers. Etter hans død ble koret ferdigstilt av sir Robert Lorimer.[8]
