Morten Ruud tok juridisk embetseksamen i 1974. I tiden 1976-1990 var han ansatt i Justisdepartementets lovavdeling (konsulent, byråsjef 1983, underdirektør 1985, lovrådgiver 1985). I 1977–1978 var han dommerfullmektig ved Indre Follo sorenskriverembete. I perioden 1990 til 1996 var han ekspedisjonssjef i Justisdepartementets polaravdeling. Fra 1996 til 1997 var han spesialråd i samme departement.
Ruud har gjennomgått Forsvarets høgskoles hovedkurs i 1984–1985 og var blant annet leder for «sikkerhetsutvalget» (NOU 1993:3). Han har også hatt flere stillinger internasjonalt, blant annet i FN og Europarådet.[trenger referanse]
Ruud ble i 1997 utnevnt til departementsråd i Justisdepartementet. Han hadde permisjon fra departementet i perioden november 1998–november 2001 for å være sysselmann på Svalbard. Ruud gikk av som departementsråd 27. april 2012 for å bli spesialrådgiver i Justisdepartementets lovavdeling.[1]
Ruud har utgitt Innføring i folkerett (sammen med Geir Ulfstein, 1998, 2002, 2006), Utvalgte emner i folkerett: metode, miljø, havrett, handel (sammen med Geir Ulftsein og Ole Kristian Fauchald, 1997) og Innføring i krigens folkerett (1980).
