Som aktiv hockeyspiller spilte Andersen for Frisk, Furuset, Lillehammer Ishockeyklubb og Stjernen, samt de svenske klubbene Mora, Sundsvall Hockey og Timrå IK. Han spilte 44 offisielle A-landskamper og 49 juniorlandskamper for det norske hockeylandslaget. Han ble valgt til turneringens beste back i VM for junior i Klagenfurt i 1986. Han var listet av Calgary Flames fra 1986. Andersen spilte OL for Norge under vinterlekene i Calagary 1988, Albertville 1992 og Lillehammer 1994.
Etter at hockeykarrieren var over, var han med på å starte NISO, og ble med det en av Norges mest nyskapende og kontroversielle fagforeningsledere. Han behandlet over 1500 saker for enkeltspillere i tiden 1995 - 2003. Kun tre havnet i retten. Andersen ledet utøvernes første streik i 2002, og samlet fotballproffene i Norge i forhold til inngåelse av ny kommersiell avtale med Norges Fotballforbund i 2000. Han fikk Fredrikstadprisen Plankebærer´n i 2000 for på en positiv måte sette Fredrikstad på kartet nasjonalt. Han fikk NISOs ærespris under NISO gallaen 2003.
Andersen satt som visepresident i FIFPro i tiden 2001-2004. Han er medforfatter til boken Da fagbevegelsen inntok idretten.
Andersen var som direktør hos Lyn i 2005 og 2006 sentral i overgangen av John Obi Mikel fra Lyn til Manchester United. I forbindelse med dette ble han tiltalt for dokumentfalskning og falsk politianmeldelse. John Obi Mikel ble omsider Chelsea FC-spiller i 2006. Andersen ble kjent skyldig for dokumentforfalskning og falsk politianmeldelse den 26. mars2008, og ble dømt til et års betinget fengsel med en prøvetid på to år.[1] Han anket dommen på stedet, men anken ble senere trukket.[2]
Andersen var også involvert i en personalsak i NISO om ugyldig oppsigelse av markedssjefen. Oppsigelsen ble kjent ugyldig av Borgarting lagmannsrett, i dommen fremkommer det at Andersen ba markedssjefen om å skrive falske reiseregninger.[3]
Han har vært administrerende og sportsdirektør i Fredrikstad Fotballklubb fra 2006-2008.
Morgan ble daglig leder for rallyselskapet Adapta 2. mai 2008.
Morgan Andersen har vært sportssjef, assistenttrener og hovedtrener i Stjernen Hockey fra 14. september 2008 - november 2011. Morgan Andersen har høyeste trenerutdannelse innen ishockey i Norge og Sverige(ETU). Morgan Andersen er fra 01.08.2012 hovedaksjonær og daglig leder i Olympic Brygga AS, som driver treningssenteret Spenst Brygga i Fredrikstad.
Skatteunndragelses-saken
I desember 2011 ble Andersen pågrepet og siktet for medvirkning til skatteunndragelse i forbindelse med den estiske spilleren Raio Piirojas opphold i Fredrikstad Fotballklubb.[4]
19. juli 2012 fikk Andersen medhold i Pressens Faglige Utvalg (PFU) i sin klage mot Aftenpostens omtale av ham i skattesaken, mens en parallell klage rettet mot Fredrikstad Blad, VG og Dagbladet ble løst i minnelighet.[5] I april 2013 tok Andersen ut stevning mot Aftenposten og krevde i overkant av 3,5 millioner kroner i erstatning. 29. august 2013 ble Aftenposten frifunnet, men Morgan Andersen anket dommen.[6] I februar 2014 ble siktelsen mot Morgan Andersen i skatteunndragelses-saken frafalt.[7]
