Han ble ordinert til prest 12. juli 1964 for bispedømmet Dallas-Fort Worth. Michael Jarboe Sheehan tok mastergrad i katolsk teologi fra Det pavelige gregorianske universitet i 1965.
Fra 1965 til 1968 var han sogneprest ved Immaculate Conception Parish i Tyler i Texas. I 1971 mottok Sheehan sin doktorgrad i kanonisk rett fra Lateranuniversitetet i Roma. Fra 1971 til 1976 var han assisterende generalsekretær for USAs biskopskonferanse. Deretter ble Michael Jarboe Sheehan rektor for Holy Trinity Seminary i Dallas. I 1982 ble Sheehan sogneprest i Immaculate Conception Parish i Grand Prairie.
Den 17. august 1993 utnevnte pave Johannes Paul II ham til erkebiskop av Santa Fe. Innsettelsen fant sted 21. september samme år. Michael Jarboe Sheehan fungerte også som apostolisk administrator av Phoenix fra 18. juni 2003 til 25. november 2003, hvorfra en vanæret biskop Thomas J. O'Brien fikk sin avskjedssøknad innvilget den 18. juni 2018. Han avsluttet oppdraget som administrator da biskop Thomas J. Olmsted ble innsatt som ny biskop av Phoenix den 20. desember.
I august 2009 beklaget Sheehan de angrep som noen av hans bispekolleger rettet mot University of Notre Dame for å invitere president Barack Obama til å gi tale ved åpningen av studieåret og for å tildele ham en honorær akademisk grad.[2] Sheehan sa også at katolikkene risikerte å isolere seg selv fra resten av landet, og at det å nekte å samtale med en politiker eller nekte å gi vedkommende den helliuge kommunion på grunn av meningsfortorskjell om en enkelsak, var kontraproduktivt.[2]
Sheehan uttalte seg ofte og kraftig mot samboerskap og sa det hadde negativ effekt på ekteskapet. Han sendte ut brev og før bryllupet.Han skrev flere ganger til sitt folk i erkebispedømmet om samboerskap[3] og dets effekt på barn.[4]
Pave Frans innvilget hans aldersbetingede avskjedssøknad den 27. april 2015.[5]