Kildeløs: Denne artikkelen mangler kildehenvisninger, og opplysningene i den kan dermed være vanskelige å verifisere. Kildeløst materiale kan bli fjernet. Helt uten kilder. (10. okt. 2015)
De blir forent idet hun dør, men på reisen hjem styrter deres fly på en mystisk øy i Stillehavet. Her blir Walt kidnappet av øyas tidligere innbyggere som blir referert til som «de andre», og Michael tilbringer all sin tid på å få sønnen tilbake. Til sist greier han det og de forlater øya sammen, men skylden over å de mordene han har begått for å oppnå dette, før det fremmedgjøring overfor sønnen og et selvmordsforsøk. Han drar tilbake til øya, men blir drept da en bombe eksploderer. Michael dukker derimot opp igjen som et spøkelse og unnskylder til Hurley (spilt av Jorge García) for å ha drept Libby Smith (spilt av Cynthia Watros).
Selv om Perrineau var skeptisk til rollen innledningsvis, tok han den etter Lost-skaperen J. J. Abrams fortalte ham mer om den. Store deler av første sesong ble omskrevet for Michael. Han var opprinnelig ment å ha vært en del av kjærlighetstriangel med det koreanske paret Sun (spilt av Yunjin Kim) og Jin (spilt av Daniel Dae Kim), men positiv respons fra seerne førte til denne handlingsgangen ble ikke aktuelt. Isteden forlot Michael øya i sesong to, men Perrineau fikk vite at han ville komme tilbake til Lost ved et senere tidspunkt. Reaksjonen for rollefiguren han framstilte var blandet, men Perrineaus skuespill fikk godt skussmål.