Under sin bror, keiser Rudolfs, sinnssykdom ble han den virkelige leder for huset Habsburgs politikk.[trenger referanse] Denne prosessen fikk et formelt utslag i 1593 da keiser Rudolf gjorde ham fil guvernør i Østerrike. Da inngikk han et nært samarbeide med Wiens katolske biskop, Melchior Klesl, som senere ble hans nærmeste rådgiver.[trenger referanse] I 1605 tvang Matthias keiseren til å la ham ta hånd om de ungarske protestantiske opprørere. Resultatet ble freden i Wien, som sikret religionsfrihet i Ungarn og garanterte transilvanerne å velge sine egne fyrster i fremtiden. Samme året ble Matthias anerkjent som Huset Habsburgs overhode og som den fremtidige overtager som keiser, som følge av Rudolfs sykdom.[trenger referanse]
I allianse med storfolket i Ungarn, Østerrike og Mähren tvang Matthias sin bror til helt å overføre myndigheten over disse landene til ham. Rudolf overdro ham også Böhmen i 1611. Matthias' ahær hadde da holdt Rudolf sinnesperret som fange i sitt slott i Praha en tid.
Han giftet seg i 1611 med sin tjueåtte år yngre kusine Anna av Tirol, datter av erkehertug Ferdinand II av Tirol. Ekteskapet ble uten barn som vokste opp.
Keiser
I 1612 etterfulgte han sin bror som keiser. Han forsøkte å føre en forsonlig politikk overfor protestantene. Denne politikk var drevet frem av Klesl, som dominerte i høy grad.[trenger referanse] Klesls ønske var at man med kompromisser mellom katolikker og protestanter ville styrke riket. Det var en del motstand mot denne politikken fra andre habsburgere.[trenger referanse]
Matthias bygget en jaktstue som senere skulle bli slottet Schönbrunn.
Matthias døde 20. mars 1619, 62 år gammel, bare tre måneder etter sin hustrus bortgang. Han ble etterfulgt av sin nevø Ferdinand II.
^abStore sovjetiske encyklopedi (1969–1978), avsnitt, vers eller paragraf Матвей (австр. эрцгерцог), besøkt 28. september 2015[Hentet fra Wikidata]
^Encyclopædia Britannica Online, oppført som Matthias, Encyclopædia Britannica Online-ID biography/Matthias, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]