Før Maria var noen år gammel ble hun lovet bort som hustru til den første sønnen som ble født av Vladislav II av Böhmen (og Ungarn) og hans fjerde hustru Anne de Foix. Denne sønnen ble født i 1506 og ble Ludvig II av Ungarn (og Böhmen).
De ble gift den 13. januar1522 i Buda. Deres felles portrett eksisterer fortsatt. Både hans kappe og hennes antatt bryllupskjole er utstilt ved Ungarns nasjonale museum.
Maria tjenestegjorde som dronning av Ungarn og Böhmen i fire år og syv måneder. Den 29. august1526 ble Ludvig drept i slaget ved Mohács mens han ledet sine styrker mot en muslimsk invasjonshær ledet av Süleyman I fra dagens Tyrkia eller Det osmanske riket. Maria og Ludvig var barnløse og felleskronen Ungarn og Böhmen gikk videre til hennes bror Ferdinand.
Avstraffelsen av Tityus malt av Tizian for Marias château de Binche, 1548-49 (Museo del Prado)
Guvernør av Nederlandene
Maria ville ikke gifte seg igjen. Hennes sjanse for å regjere kom fire år senere. Hennes tante på farsiden, Margarete, erkehertuginne av Østerrike, døde den 1. desember1530, og etterlot seg posisjonen som guvernør av Nederlandene ledig. Hennes bror etablerte Maria som tantens etterfølger og hun ble i denne posisjonen fram til 1555. Karl V ga henne slottet Binche sør for Brussel som belønning for hennes trofaste tjeneste. Hun ombygde slottet i en bevisst etterligning av Fontainebleau, men det ble ødelagt av troppene til Henrik II av Frankrike i 1554, men to av maleren Tizians fire malerier som viste avstraffingen av opprørene, bestilt i 1548 for Binche, er oppbevart ved Museo del Prado i Madrid (se bilde). Hun ble etterfulgt som guvernør av Emanuele Filiberto av Savoia, hertug av Savoia.
Hun døde i Cigalos og i hennes testamente ønsket hun at hennes medaljong, en gang båret av hennes ektemann, formet som et hjerte, skulle bli smeltet og verdien fordelt blant de fattige.
Thea Leitner: Herz unterm Panzer. Maria 1505–1558. In: Habsburgs verkaufte Töchter. Piper, München und Zürich 1994, ISBN 3-492-11827-5, S. 93–135 (auch im Sammelband Schicksale im Hause Habsburg im gleichen Verlag, ISBN 3-492-23980-3).
Linda Maria Koldau: Frauen – Musik – Kultur. Ein Handbuch zum deutschen Sprachgebiet der Frühen Neuzeit. Böhlau, Köln/Weimar 2005, ISBN 3-412-24505-4, S. 50–56.
