Øya ble i år 1307 gitt til Mariakirken av fru Jartrud og tilhørte kirken fram til reformasjonen. Tidlig på 1800-tallet ble øya utstykket til landsteder for byens fornemste familier. I 1888 var her 62 bruksnumre, og like før andre verdenskrig var det blitt 141 bruksnumre[1]. I dag er det ca. 180 husstander på øya.
Veier og virksomheter
Fast veiforbindelse kom i 1966 med bro over Malmøysundet fra Ormøya, som igjen er forbundet med fastlandet. Tidligere var det ferge over sundet. På denne tiden forelå det planer om å utvide Oslo havn på nord- og vestsiden av Malmøya, og broen er derfor dimensjonert vesentlig kraftigere enn veiene på begge sider. Malmøya har private veier, eid og vedlikeholdt av Malmøya Veilag. Veiene er svært smale, og parkering er stort sett forbudt på hele øya. Man kommer til Malmøya med Buss 85 fra Jernbanetorget.
Oslo kommune driver campingplassen Solvik, reservert for fysisk handicappede, på øyas sørvestside, ved sundet mot Malmøykalven. Det er dagligvarebutikk ved Malmøysundet. Annen næringsvirksomhet er to marinaer. Ormsund Roklub og Bundefjorden Seilforening har lokaler på sydøstsiden av øya. Skinnerbukta på øyas vestside er en yndet ankringsplass, stille og vestvendt, med en offentlig badeplass på sørsiden.
Naturfredning
Den 2. november1979 ble det på og ved Malmøya fredet sju atskilte områder som naturminner og dyrefredningsområde. Hensikten var i første rekke å beskytte geologiske forekomster, kalkfuruskog og fugleliv, da øya har stor verdi som raste-, beite- og hekkeområde for sjøfugler. Fire av områdene ble senere samlet til ett og fredet som naturreservat den 27.6.2008.[2]
I permtiden presset vulkansk lava seg opp gjennom de eldre bergartene i jordskorpa. Rombeporfyr og basalt er smeltemasser som har strømmet ut på overflaten, mens granitt er smeltemasse som størknet lenger nede i jordskorpa. Striper i overflaten på svaberg er orientert nordvest-sydøst og er dannet av isens bevegelser i slutten av siste istid for noe mer enn 10 000 år siden.
