Lotta starter fra den lille Luttosjøen i Saariselkä. Den renner derfra hovedsakelig østover gjennom kommunene Enare og Sodankylä i Finland. Ved Raja-Jooseppi renner den inn i de sørlige delene av Petsjenga i Russland, og fortsetter i nordøstlig retning til den munner ut i Øvre Tuloma-reservoaret, hvor elva Tuloma starter fra.
Lottas største sideelv på finsk side er Suomu.
Før Petsjengaområdet ble avstått til Sovjetunionen etter andre verdenskrig lå hele Lotta-elva på finsk område.