Hanssen ble utdannet lege i 1973, dr.med. i 1980 og er spesialist i indremedisin, gastroenterologi og endokrinologi. Han var først knyttet til Ullevål sykehus, deretter Rikshospitalet fra 1984, etter hvert som sjeflege fra 1992 til 1994 og professor i indremedisin ved Universitetet i Oslo. Ved Rikshospitalet la han grunnlaget for det senere Centre of excellence for behandling av nevroendokrin kreft (ENETS). Han har publisert ca. 200 vitenskapelige arbeider. Han har vært professor II i medisin ved Institutt for samfunnsmedisinske fag, og ved Det psykologiske fakultet, Universitetet i Bergen 2001–14 og fakultetsrådsleder, Det medisinske fakultet, Norges teknisk-naturvitenskapelige universitet 2005–09.[1]
Fra 1994 arbeidet han i Statens helsetilsyn som assisterende helsedirektør under Anne Alvik. Fra 2001 til august 2012 var han direktør, til og med 2006 med tittel helsedirektør. I hans tid ble tilsynsansvaret utvidet til også å omfatte barneverntjenester, sosiale tjenester, folkehelsearbeid, medisinsk og helsefaglig forskning og tilsyn med helsetjenester til militært personell i operasjoner i utlandet.[2]
Hanssen har hatt styreverv for International Agency for Research on Cancer i Lyon, Senter for medisinske studier i Moskva (Universitetet i Oslo) 1992–97, Sørlandet sykehus HF og har vært styreleder for områdestyret for medisin og helse i Norges forskningsråd 1997–2001.[4] Han har også vært assisterende redaktør 1987–1993 og sjefredaktør 1994–1996 for Scandinavian Journal of Gastroenterology, med utgaver på engelsk, spansk og kinesisk. Han var medlem av utvalget som la fram forslag til helseforskningsloven i 2005.[5]
I 2001 fikk han YS-Stats medbestemmelsespris[7] og i 2021 ble han utnevnt til Kommandør av Den Kongelige Norske St. Olavs Orden «for fremragende bidrag til utviklingen av norsk helsetjeneste.»[8]
Doktoravhandlingen: Studies on the regulation of the plasma secretin concentration, Gastroenterologisk forskningslaboratorium, avd. 9/indremedisin, Ullevål sykehus, Oslo 1980
