Etter ektefellens død i 1611 ledet hun regjeringen sammen med sønnen Gustav Adolf og hertug Johan. Regjeringen opphørte to måneder senere da sønnen Gustav Adolf ble hyllet som Sveriges konge og det ble innsatt en formynderregjering.
Kristina fortsatte å drive de jern- og brukseiendommene som Karl hadde bygget opp i de tidligere hertugdømmene Värmland, Sörmland og Närke.
Som formynder både for den blivende kongen Gustav Adolf og den yngste sønnen Karl Filip hadde hun en viktig stilling innen både politikk og økonomi. Hun var også uvanlig engasjert og dyktig innen disse områdene og svært interessert i jern- og bruksdriften.
I den unge Karl Filips hertugdømme forble hun regent i egenskap av sønnens formynder. Hennes omsorg for Karl Filips rettigheter fremkalte mange mindre tvister med kongemakten. Hun var også en sterk motstander av Gustav Adolfs interesse for Ebba Brahe.