I august 2018 underskrev han en toårsavtale som ubetalt trener for Kambodsjas herrelandslag.[5]
Landslaget
Han ble tatt ut til Fotball-VM 2010 i Sør-Afrika og scoret Japans mål i åpningskampen mot Kamerun. Dette førte til Japans første seier i et verdensmesterskap utenfor eget land. Han ble kåret til banens beste av FIFA. I den siste gruppespillkampen, mot Danmark, scoret Honda et vakkert mål på frispark fra ca. 28 meters hold. Mot slutten av kampen var han nest sist på scoringen som gav 3–1 til Japan. Dermed var Japan kvalifisert for gruppespillet, og Honda ble for andre gang kåret til banens beste spiller.
Han ble tatt ut i Japans tropp til VM i fotball 2018 i Russland.[6] I fotball-VM 2018 scoret han også et viktig mål for Japan mot Senegal i gruppespillet. Han utliknet kampen til 2–2.