Beckurts ble 9. juli 1986 myrdet av den venstreekstremistiske terrororganisasjonen Rote Armee Fraktion (RAF) i et bombeangrep i Straßlach.
Til Beckurts minne opprettet Helmholtz-Gemeinschaft av tyske forskningssentre Karl Heinz Beckurts-Stiftung, som arbeider for å fremme vitenskapelig arbeid som tjener som bro mellom natur- og tekniskvitenskapelig forskning på den ene side og åndsvitenskaper på den andre.