Han var sønn av sogneprest Bernt Anton Thinn (1819–1881) og Ottine Christine Ottesen (1823–1911), datter av sogneprest Otto Christian Ottesen (1788–1870) og Diderikke Aall (1799–1871). Hans oldefar var Jacob Aall, Borgestad gård. Han var gift med kvinnesakskvinnen Olga Wegner (1858–1943), datter av byfogd Johan Ludwig Wegner og Blanca Bretteville. Hun var barnebarn av godseier Benjamin Wegner og statsminister Christian Zetlitz Bretteville.
Karenus Kristofer Thinn var far til bl.a. høyesterettsadvokat Jakob Thinn.