Bakke var medlem i Quislings nasjonalistiske fascistparti Nasjonal Samling (NS) fra 1933 til 1936 da han slutta å betale medlemsavgift, og på nytt fra oktober 1940 til partiet ble forbudt ved frigjøringa våren 1945. I november 1940 ble Jørgen Bakke «chefsinspektør i skolevesenet». Bakke skrev flere foredrag og avisartikler om blant annet skolepolitikk og nazistisk ideologi.[5][6]
På grunn av en mindre skade ble Jørgen Bakke sendt tilbake fra fronten og begynte i februar 1943 å arbeide for Organisation Todt i Norge.[3] I august samme år ble han leder for Norsk Frontføring som skulle ivareta interessene til norske arbeidere på tyske anlegg.[3] Ved krigens slutt var Bakke Sturmbannführer ved hirdbataljonene.[9]