Joseph Sagwe Obanyi ble født den 13. mars 1967 i landsbyen Nyakemicha nær Nyamira i Kenya. Han tilhører kisiifolket. Han gikk på barneskolen i Kebiringo fra 1975 til 1981. Fra 1983 til 1986 gikk han på St. John's Minor Seminary i Rakwaro (Migori), som han fullførte med O-level. Han oppnådde sitt A-level (avansert nivå) ved Mother of Apostles Seminary i Eldoret (Uasin Gishu). Han studerte filosofi ved St. Augustine Major Seminary i Mabanga, og teologi i Nairobi ved St. Thomas Aquinas Major Seminary. I 1995 ble han ordinert til diakon.
Prest
Den 25. oktober 1996 ble Obanyi presteviet. Han ble da kapellan og pastoralrådgiver i bispedømmet Kisii. Fra 1999 til 2004 ble han sendt av sin biskop Joseph Mairura Okemwa for å studere ved Lateranuniversitetet i Roma, hvor han tok mastergrad og så doktorgrad i kanonisk rett.
Etter hjemkomsten fra Roma ble han utnevnt til pastor ved Kisii-katedralen og umiddelbart etterpå bispedømmets generalvikar.[2]