Joseph Freundorfer studerte filosofi og teologi i Passau og ble ordinert til prest den 29. juni 1920 i St. Stephan-katedralen i Passau. Han var kooperatoradministrator i Griesbach im Rottal og seminarprefekt ved Passau biskoppelige seminar St. Valentin. I 1922 begynte han doktorgradsstudier i nytestamentlig eksegese og tok doktorgraden i 1926 med en avhandling om arvesynd og arvedød hos apostelen Paulus i München. Deretter virket han i Roma ved Det pavelige Bibelinstitutt og Vatikanbiblioteket, samt konviktor for den tyske nasjonalstiftelse Collegio Teutonico di Santa Maria dell'Anima. Han var også privatlektor for nytestamentlig eksegese i München, deretter professor ved det filosofisk-teologiske universitet i Dillingen.
Høsten 1930 ble han førsteamanuensis ved det filosofisk-teologiske universitetet i Passau. I 1933 signerte han forpliktelsen fra professorer ved tyske universiteter og høyskoler overfor Adolf Hitler. Fra 1930 til 1939 var han hovedredaktør for «Biblische Zeitschrift». I 1940 ble han utnevnt til den pavelige bibelkommisjon. Etter krigsslutt ble han utnevnt til full professor ved det filosofisk-teologiske universitet i Passau høsten 1945; i 1947 ble han dens rektor.
Som biskop forsøkte han først og fremst å intensivere Den katolske Aksjon og ga ny drivkraft til det religiøse liv i bispedømmet gjennom regionale katolikkdager. Han ga særlig oppmerksomhet til sosial boligbygging, aktivitetene til den tyske katolske familieforening og styrking av den katolske pressen. Joseph Freundorfer deltok på første sesjon av Det andre Vatikankonsil i 1962.
Skrifter
Das ewige Evangelium des Kreuzes (1939, med dedikasjon)
Erbsünde und Erbtod beim Apostel Paulus. Eine religionsgeschichtliche und exegetische Untersuchung über Römerbrief 5,12–21. Aschendorff, Münster 1927.
Die Apokalypse des Apostels Johannes und die hellenistische Kosmologie und Astrologie. Eine Auseinandersetzung mit den Hauptergebnissen der Untersuchung Franz Bolls: „Aus der Offenbarung Johannis“. Herder, Freiburg im Breisgau 1929.
Das ewige Evangelium des Kreuzes. Fünf christliche Reden in der Karwoche. Erich Wewel Verlag, Krailling vor München 1939
Lebenswerte aus dem Neuen Testament. Vorträge. Echter, Würzburg 1940 (21948).
Vorsehung, Leid und Krieg. Biblische Gedanken. Echter, Würzburg 1940 (2. stark erweiterte und überarbeitete Auflage unter dem Titel Licht im Leid. Echter, Würzburg 1949).
med Karl Staab: Die Thessalonicherbriefe, die Gefangenschaftsbriefe und die Pastoralbriefe (Regensburger Neues Testament, Bd. 7). Pustet, Regensburg 1950; 3. umgearbeitete Auflage 1959.
Karl Ritter von Klimesch (utg.): Köpfe der Politik, Wirtschaft, Kunst und Wissenschaft. Verlag Johann Wilhelm Naumann, Augsburg 1951, o. S.
Engelbert Maximilian Buxbaum (utg.): Dr. Joseph Freundorfer, Bischof von Augsburg (1949–1963): sein Leben und Wirken nach eigenen und zeitgenössischen Dokumenten; vom „Waldler-Buben“ zum Hochschulprofessor und regierenden Bischof; Studien und Dokumente. Regensburg: Schnell und Steiner 2004, ISBN 3-7954-1633-7.
