Johnny Mølby innledet sin profesjonelle karriere i Vejle Boldklub. I tiden som VBer ble Mølby regnet blant Danmarks største fotballtalenter, noe som blant annet gav ham prisen som årets talent i 1987. Samtidig spilte Johnny Mølby 28 ganger på diverse ungdomslandslag og 12 ganger på Danmarks A-landslag.
I 1992 ble Johnny Mølby solgt til den franske storklubben FC Nantes, hvor han kun spilte en enkelt sesong, før han skiftet til den tyske klubben Borussia Mönchengladbach. Samme år var han med det danske landslaget til EM i Sverige, hvor laget sensasjonelt endte opp med å bli europamestere.
I 1994 skiftet Johnny Mølby til den belgiske klubben KV Mechelen, hvor han spilte 44 kamper, før han i 1996 kom til AaB. Han gjorde det godt mot sin gamle klubb fra Vejle, men det var vanskelig for Mølby å holde nivået, og til slutt ble han satt på sidelinjen i lengre perioder. Som en konsekvens av dette, forlot han klubben til fordel for AGF, hvor den tidligere landslagsspilleren avsluttet karrieren på toppnivå.
Efter tiden i AGF tok Johnny Mølby DBUs elitetrenerutannelse og ble spillende trener i barndomsklubben Kolding FC i 2000 og senere hovedtrener. Sommeren 2008 skiftet Mølby til AGF hvor han var assistentrener. Den 6. juli2009, presenterte AC Horsens Johnny Mølby som den treneren, som skulle få «den gule fare»' opp i Superligaen igen.
Johnny Mølby er fetter til en annen tidligere landslagsspiller, Jan Mølby.
Referanser
^FBref, FBref spiller-ID c965ab20[Hentet fra Wikidata]
^abtransfermarkt.com, oppført som Johnny Mölby, Transfermarkt spiller-ID 97262, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]