John Alexius Bathersby mottok etter filosofisk og teologisk utdannelse ved Pius-XII-seminaret i Banyo, en forsted til Brisbane i Queensland, prestevielsens sakrament den 30. juni 1961 i St.-Joseph i Stanthorpe av biskopen av Toowoomba, William Joseph Brennan. Han var fra 1962 til 1969 sjelesørger i Goondiwindi.
Den 3. desember 1991 ble han utnevnt til erkebiskop av Brisbane og ble innført i embedet den 30. januar året etter.
I 2008 var St. Mary's Catholic Church i South Brisbane gjenstand for kontrovers etter klager på at den mangeårige sogneprest Peter Kennedy ikke fulgte standard katolske læresetninger og praksis. Kennedys gudstjenester var imidlertid populære og tiltrakk seg en stor menighet, hvorav mange følte seg ellers fremmedgjort fra den katolske kirke. Til tross for utallige forsøk fra Bathersby på å overtale Kennedy til å gå tilbake til en mer standard liturgi, nektet Kennedy. Bathersby fjernet til slutt Kennedy som sogneprest. Bekymringene knyttet til presten ble oppført under overskriftene 'tro', 'liturgi', 'lederskap' og 'autoritet', og inkluderte spørsmål om hvorvidt Kennedy oppmuntret til tro på Jesus Kristus og Den hellige treenighet, samt innvendinger mot den potensielle ugyldighet av messer og dåp Kennedy feiret.[4] Menigheten under hans ledelse velsignet også homoseksuelle par og tillot kvinner å forkynne.[5]
Bathersby engasjerte seg i økumene og var blant annet fra 1989 til 1995 i International Catholic-Methodist Dialogue og i Australian Catholic–Uniting Church Dialogue. Fra 1997 til 2002 var han president for National Council of Churches in Australia. Pave Johannes Paul II kalte ham i 2001 til ledelsen av International Anglican-Roman Catholic Working Group (IARCCUM).
Pave Benedikt XVI innvilget den 14. november 2011 John Alexius Bathersbys aldersbetingede avskjedssøknad.
Han døde den 9. mars 2020 i Brisbane, i en alder av 83 år.[6]
