Under en reise til Italia kom han i kontakt med arkeologen Johann Joachim Winckelmann som var sin tids fremste representant for nyhumanismen. Møtet med Winckelmann fikk store konsekvenser for Wiedewelts kunst. Han gikk også i lære hos hoffbilledhugger Didrick Gercken.
Tilbake i Danmark
I 1761 ble Wiedewelt utnevnt til professor ved Kunstakademiet og han var dets direktør i lengre perioder i 1772–1795. Han fikk flere oppgaver for kongehuset og utførte blant annet Christian VIs sarkofag og Frederik Vs gravmæle, begge i Roskilde domkirke.
Johannes Wiedewelt hadde et stort pengeforbruk og da oppdragene sviktet på slutten av livet, fikk han økonomiske problemer. Hans bidrag til Frihetsstøtten i København var et av de siste store oppdragene og han livnærte seg i det vesentlige av å utføre gravmæler. Mange av hans prosjekter kan sees på Assistens kirkegård i København. Han utførte også Ludvig Holbergs sarkofag i Sorø klosterkirke.
I desember 1802 ble Wiedeweldt funnet druknet i Sortedamssøen. Han er begravet på Assistens kirkegård i København.