Johannes Bündgens studerte katolsk teologi og filosofi ved Det pavelige gregorianske universitet i Roma fra 1974 etter eksamen fra det kommunale gymnasium i Eschweiler. Han ble ordinert til diakon 24. mars 1979.[3] Den 10. oktober 1980 ble han presteviet i Roma av kardinal Joseph Schröffer. Fra 1981 til 1985 var Bündgens kapellan ved St. Cornelius i Viersen-Dülken. I november 1985 ble han sendt for å studere for en doktorgrad ved Gregoriana. I mai 1990 mottok Johannes Bündgens sin doktorgrad i teologi under pater Karl Josef Becker med sin avhandling om virkningene av dåp og konfirmasjon i henhold til Salamancaskolens teologi. Han virket deretter for avdelingen for videreutdanning og opplæring i Aachens generalvikariat. Samtidig var han subsidiar i Aachen-Kornelimünster og Stolberg-Venwegen.[trenger referanse]
1. oktober 1992 utnevnte biskop Klaus Hemmerle Johannes Bündgens spiritual ved Collegium Leoninum og – etter at denne teologiske høyskolen var flyttet – ved Paulushaus i Bonn. I samme funksjon var han også ansvarlig for de permanente diakoner i Aachen bispedømme fra 1997. I 2002 utnevnte biskop Heinrich Mussinghoff ham til pastor i fire menigheter i byen Heimbach i Eifel. Bündgens ble av presterådet i bispedømmet Aachen i januar 2003. Bündgens ble også med i bispedømmets forberedende gruppe for saligkåringen av legen Heinrich Hahn.[trenger referanse]
Bündgens var styreleder for det internasjonale katolske misjonsverk missio e.V. med base i Aachen. I Sen tyske bispekonferanse ble han medlem av kommisjonen for utdanning og skoler samt kommisjonen for verdenskirken og dens underkommisjon for utviklingsspørsmål (særlig MISEREOR).[4]
Etter at statsadvokatembetet i Köln tok ut siktelse for tillitsbrudd mot Bündgens ved Kerpen tingrett, fikk han alle verv stilt i bero i desember 2019. Bündgens hadde overført til sammen 143.000 euro til sin private konto i desember 2017 og januar 2018 fra kontoen til en pensjonist med demens, som hadde gitt ham fullmakt. Bündgens forklarte at han til gjengjeld hadde gitt kvinnen livslang rett til å bo i en eiendom i Aachen som han hadde kjøpt for 600.000 euro. Det forelå imidlertid ingen skriftlig avtale eller oppføring i grunnboken fordi kvinnens helse var blitt dårligere. I juli 2021 dømte tingretten ham til en betinget fengselsstraff på ni måneder og en bot på 5000 euro. Straffekjennelsen ble endelig høsten 2022 etter at Bündgens trakk en anke.[5] Biskop Helmut Dieser av Aachen ba Bündgens «å nå tilby paven sin avgang».[6] Bündgens søkte om avskjedigelse i Roma i oktober 2022.[7]Pave Frans godtok hans avskjed den 8. november samme år.[8]
