Mot slutten av 1680-årene ble Wilderer organist ved kurfyrstens hoffkirke St Andreas i Düsseldorf. Senest i 1696 fungerte han som visekapellmester ved hoffet og rundt århundreskiftet ble han utnevnt til hoffkapellmester. Her arbeidet fram til pfalzgrevens død i 1716.
Den nye fyrsten bygde opp et orkester av musikere fra Düsseldorf, Mannheim og Heidelberg, og la med det grunnlaget for det seinere så berømte orkesteret i Mannheim. Wilderer flyttet med hoffkapellet, først til Heidelberg, og i 1720 til Mannheim der han var musikkdirektør fram til 1723.
Johann Hugo von Wilderer skrev ti operaer, de fleste i Düsseldorf. I disse fargerikt orkstrerte verkene kombinerer han en venetiansk stil med franske impulser. Han skrev også noe kirkemuskk, oratorier, kantater, motetter og annet.
Johann Sebastian Bach skrev av Wilderers Missa brevis i g-moll (1725-1729) og ser ut til å ha lånt noen av elementene til Kyrie i Messe i h-moll (BWV 232).
