Gropper begynte i Köln i 1516 med studier i filosofi og rettsvitenskap, og ble promovert til rettsdoktor den 7. november 1525.
Prest, jurist, teolog
I 1524 eller 1525 ble han presteviet. I september 1525 ble han offisial for domprosten Hermann von Neuenahr (1492−1530), i september 1526 seglbevarer for Kölns erkebiskop Hermann von Wied, den 23. september 1527 scholaster for Stift St. Gereon.
I 1529 var Gropper en kort tid professor ved det juridiske fakultet ved universitetet i Köln.
Gropper deltok samme år ved riksdagen i Speyer, og året etter ved riksdagen i Augsburg som representant for biskopen av Münster. Under Augusburgriksdagen i 1530 ble han kjent med Philipp Melanchthon og befattet seg senere inngående med protestantenes teologi. Han utgav Enchiridion, en håndbok over den kristne lære, og presenterte der rettferdiggjørelseslæren på en måte som protestantene kunne kjenne seg igjen i, men som var fullt ut i overensstemmelse med katolsk lære hva gjeldt kirketeologi, sakramentalteologi, prestedømmet, hierarkiet og pavens primat.
Fra 1530 ble han stiftsherre, og senere også dekan sogneprest og dekan i Soest.
I 1532 ble Gropper kanoniker og det følgende år også scholaster og fra 1543 dekan ved Viktorstift i Xanten.
I 1533 ble han fristilt fra sin tjeneste hos erkebiskopen av Köln og viet seg til forberedelsen av Kölns provinsialkonsil som så fant sted fra 7. til 10. mars 1536, og til reformen av den kurfyrstelige landrett.
Han deltok i religionssamtaler med protestantene i 1540 og 1541 i Hagenau, Worms og Regensburg, og førte inngående og vennlige teologiske samtaler med reformatorer som Martin Bucer.
Han var teologisk rådgiver ved Tridentinerkonsilet og regnes blant den katolske tros «redningsmenn». Han skrev tallrike skrifter til forsvar av den katolske lære.
Kardinal
Han ble utnevnt til kardinal i 20. desember1555 av pave Paul IV, med Santa Lucia in Orphea som tittelkirke. Men han nektet å benytte seg av kardinalsverdigheten fordi han mente at han kunne virke mer effektivt for kirken i Tyskland uten å være kardinal.
Under et besøk i Roma i 1558, i den hensikt å prøve å forhindre at paven bekreftet domkapittelets valg av grev Gebhard von Mansfeld som erkebiskop av Köln, ble han stilt for inkvisisjonen. Men han klarte å påvise at anklagene mot hans rettroenhet ikke var berettiget.
Claus Arnold: Die römische Zensur der Werke Cajetans und Contarinis (1558–1601). Grenzen der theologischen Konfessionalisierung. (Römische Inquisition und Indexkongregation Bd. 10). Paderborn 2008.
Reinhard Braunisch: Johannes Gropper. Briefwechsel. Aschendorff, Münster 2005, ISBN 3-402-03458-1.
Reinhard Braunisch: Die Theologie der Rechtfertigung im „Enchiridion“ (1538) des Johannes Gropper. Aschendorff, Münster 1974, ISBN 3-402-03716-5.
Leonhard Ennen: Gropper, Johannes. In ADB. Band 9. Duncker & Humblot, Leipzig 1875–1912.
Heinz Finger: Der Kölner Seelsorger und Theologe Kardinal Johannes Gropper. Eine Ausstellung der Diözesan- und Dombibliothek Köln zum 500. Geburtstag Groppers (25. Februar bis 30. April 2003). Erzbischöfliche Diözesan- und Dombibliothek, Köln 2003.
Walter Lipgens: Kardinal Johannes Gropper, 1503–1559, und die Anfänge der katholischen Reform in Deutschland. Aschendorff, Münster 1951.
Johannes Meier: Der priesterliche Dienst nach Johannes Gropper (1503–1559). Der Beitrag eines deutschen Theologen zur Erneuerung des Priesterbildes im Rahmen eines vortridentinischen Reformkonzeptes für die kirchliche Praxis. (Reformationsgeschichtliche Studien und Texte 113), Aschendorff, Münster 1977.