I studietiden besøkte Arndt universitetene i Helmstedt, Wittenberg, Strassburg og det reformerte Basel. Han ville først bli lege, men på grunn av en stor sykdom som holdt på å ta livet av ham, bestemte han seg for å vie sitt liv til kirkens tjeneste. Han ble først ansatt som diakon og skolelærer i hjembyen, men i 1583 flyttet han til Badeborn for å overta en prestestilling. Hertug Johan Georg hadde sterke reformerte sympatier og ble regnet for å være kalvinist, men Johann Arndt brukte sin stilling til å irettesette ham. Han ble upopulær da han ikke ville avskaffe eksorsismen i dåpsritualet og bruk av bilder i kirkene, og resultatet ble at han mistet embetet i 1590. Samme år ble han kalt til Quedlinburg, der Arndt virket i ni år som en utrettelig forsamlingslærer ved St. Nikolaikirke i Neustadt. Han byttet i 1599 ut denne plassen mot et predikantembete ved Martinskirken i Braunschweig.
Da den lutherske ortodoksiens store systembygger Johann Gerhard (1582–1637) ble alvorlig syk i fjortenårsalderen hadde Johann Arndt gjort så sterk innflytelse på ham at han bestemte seg for å studere og bli en kirkens mann.
Den sanne kristendom
I krigsårene hadde det utviklet seg et sedelig forfall, et forhold som Arndt ønsket å gjøre noe med. Han hadde også erfart at både studenter og prester i lang tid hadde vært opptatt av teologiske diskusjoner. Han ønsket å vende folks blikk mot det kristne livets rettferdighet, og i 1606 gav han ut den første boken Om den sanne kristendom. Den er oversatt og utgitt på nesten alle europeiske språk (i nyere tid også på tamil), og ble en av de mest utbredte oppbyggelsebøker i verden. Den ble etterfulgt av flere andre, særlig Paradis-urtegård. I 1610 ble den første samlede utgaven av Den sanne kristendom utgitt i Magdeburg.
Arndts "Den sanne kristendom" var sterkt influert av Valentin WeigelsBetbüchlein, og det at Arndt hentet hele kapitler fra den tyske førreformatoriske mystikken medførte at han ble sterkt kritisert. Det ble også reist kritikk mot at den genuint lutherske rettferdiggjørelseslæren måtte vike plassen for den mystiske foreningen med Gud, og det resulterte i at "Den sanne kristendom" ble beskyldt for all slags vranglære. Nyere forskning viser hvordan Arndt selv har gjort revisjoner i de forskjellige utgavene for at verket skulle bli mer evangelisk-luthersk. Den sanne kristendom har siden vært et monumentalverk i den protestantiske verden, og også innen katolske land er den en verdsatt andaktsbok.
Seinere år
Fra Braunschweig ble Arndt i 1608 kalt til pastor og medlem av domkapitlet i Eisleben. Men i 1611 overtok han embetet som generalsuperintendent (jf. Biskop; bokstavelig: overtilsynsmann) i Celle, i fyrstedømmet Lüneburg. I denne stillingen arbeidet han med endringer av den lüneburgske kirkeordning.
Arndt ble aktet høyt av de tyske pietistene. Grunnleggeren av pietismen, Philipp Jacob Spener, henviste gjentatte ganger til ham og hans verk, og han gikk også så langt som til å sammenligne ham med Platon.
Et fullstendig opplag av hans skrifter, Johann Arnds Geistreiche Schriften und Wercke I-III, ble utgitt av Johann Jakob Rambach i perioden 1734-36.
Forfatterskap
Et utvalg:
Ikonographia, Halberstadt: Georg Koten, 1597
Von den zehn ägyptischen Plagen, (1595) Frankfurt am Main: Christoff le Blon/1657
Vier Bücher vom wahren Christenthum, Magdeburg: Johann Francke, 1610
Geistliche Seelen-Arznei wider die Seuche der Pestilenz, Nürnberg: Caspar Fulden, 1625
Paradisgärtlein voller christlichen Tugenden, Magdeburg: Johann Francke,1612
Auslegung des gantzen Psalter Davids, Jena: Tobias Steinmann, 1617
Sechs Bücher vom wahren Christentum.
Vom wahren Glauben und heiligen Leben, Magdeburg, 1620
Von der Vereinigung der Gläubigen mit Christo Jesu ihrem Haupte, 1620
Von der heiligen Dreifaltigkeit, 1620
Repetitio apologetica, 1620
Informatorium biblicum, Lüneburg: Stern, 1623
På norsk, i utvalg:
Utdrag fra Den sanne kristendom i antologien Vestens mystikk, 2005
Den sanne kristendom. Lunde forlag, 2002. ISBN 82-520-3548-5 Først norske utgave Kristiansand, 1844
Johan Arndts Postille, eller aanderige Forklaringer over de aarlige Søn- og Helligdages evangeliske Texter. Porsgrunn, 1922. Første norske utgave 1855. Også med titlene Johann Arnd's Hus-Postille og Johan Arndts Husandagtsbog
Pilegrimsraab : Morgen- og Aftenbønner for Hjemmet. Bergen, 1889
Johan Arnd's Paradis-Urtegaard. Stavanger, 1877. Omslagstittel: Arnd's Bønnebog
Den hellige Nadvere : Morgen- og Aftensignelse for en Familie, der har bestemt sig til at gjæste Herrens Bord. Bergen, 1868
Johan Arndt's Katechismusprædikener. Drammen, 1864
Hoaas, Brynjulf: Johann Arndt (1555–1621) – betydningsfull og omstridt oppbyggelsesforfatter.Budskap 2002, Årskrift for Fjellhaug Misjonshøgskole, 2002, s. 7-55.
Schneider, Hans: Der fremde Arndt : Studien zu Leben, Werk und Wirkung Johann Arndts. (1555 – 1621), Göttingen: Vandenhoeck & Ruprecht 2006.
Reichelt, Stefan: Johann Arndts »Vier Bücher von wahrem Christentum« in Russland. Vorboten eines neuzeitlichen interkulturellen Dialogs, Leipzig: Evangelische Verlagsanstalt 2011.
Kirke-leksikon for Norden av Fredrik Nielsen, 1. bind, (Århus1900)