Man vet lite om hans ungdom og kunstneriske utdannelse. Som kongelig byggmester ble Ernst i 1696 sendt til Stockholm for å arbeide under slottsarkitekt Nicodemus Tessin den yngre. Senere hentet han hjem en modell av et nytt og stort slott for Christian V. Slottet var planlagt utført på grunnen til det nedbrente Sophie Amalienborg slott, men dette ble aldri realisert.
Noen år senere arbeidet Ernst under ledelse av generalbyggmester Vilhelm Platens med oppføringen av Frederiksberg slott. Da Platen la ned sitt embete som generalbyggmester, ble Ernst hans etterfølger (1716) med 1000 Rigsdaler årlig i lønn.
Ernst giftet seg med Magdalene Foss (f. 1676 d. 1718) 23. april1703. Etter hennes død giftet han seg 6. juli1719 med Margrethe Elisabeth Weinmann, enke etter borgmester Anders Jacobsen Lindberg. Ernst var en ansett og velhavende mann, eide godset Aunsøgård ved Kalundborg og et herskapelig hus i Stormgade i København. Han døde i 1750 og ble 8. oktober samme år gravlagt i Viskinge Kirkes kapell ved Kalundborg.
