Jørgensen ble hentet til IF Elfsborg av tidligere Stabæk-trener Jörgen Lennartsson i forkant av 2012-sesongen.[7] Jørgensen var tiltenkt en defensiv midtbanerolle i Elfsborg, men skader i troppen og hard konkurranse om midtbaneplassene førte til at han spilte mest i midtforsvaret.
Joackim Jørgensen ble seriemester med klubben i 2012.[8] I den påfølgende mesterliga-kvalifiseringen røk Elfsborg ut i 3. runde, etter å ha blitt slått ut 1-0 sammenlagt av skotske Celtic FC. Jørgensen ble byttet inn etter 86 minutter i det første oppgjøret på Celtic Park, men var ubenyttet reserve i returoppgjøret hjemme på Borås Arena.[9] Elfsborg endte på 6.-plass i den hjemlige serien i 2013, og klarte dermed ikke å forsvare ligatittelen fra sesongen før.
Viking FK
På en pressekonferanse 19. november 2013, ble Joackim Jørgensen presentert som Vikingspiller. Jørgensen skrev under på en kontrakt som strekker seg ut 2016-sesongen.[10] Spilleren fikk sin debut i Tippeligaen for Viking i 1. runde, borte mot Rosenborg BK 29. mars 2014, i en kamp som endte 2 - 2.[11] Jørgensen spilte totalt 27 kamper i sin debutsesong for klubben. Jørgensen scoret sitt første mål for klubben i en 4 - 2 seier mot Vålerenga Fotball på Ullevaal Stadion 13. september 2015.[12] Spilleren spilte totalt 23 kamper igjennom 2015-sesongen, og bidro både fra midtbaneposisjon og ifra midtforsvaret. Laget var lenge med i medaljekampen, men endte til slutt på en 5.-plass. I forkant av 2016-sesongen startet det tidlig med spekulasjoner om at Jørgensen som var på utgående kontrakt, ville forlate klubben etter endt sesong.[13] August 2016 ble det meldt i medier at spilleren var klar for en overgang til den moldovske klubben Sheriff Tiraspol, men etter å ha besøkt klubben og kikket på forholdene, ombesemte Jørgensen seg, og vendte dermed tilbake til Stavanger.[14] Jørgensen spilte totalt 23 kamper for klubben i gjennom 2016-sesongen, derav 20 fra start. Etter at midtstopper Anthony J. Soares dro til danske AGF Fodbold midtveis i sesongen, spilte Jørgensen for det meste som makker til Karol Mets i midtforsvaret.
Sarpsborg 08
30. januar 2017 ble det offentliggjort at Jørgensen var klar for sin tidligere klubb Sarpsborg 08. Spilleren undertegnet en 2-års kontrakt, og kom vederlagtsfritt til klubben.[15]
Start
Jørgensen signerte i august 2018 en 3-års kontrakt med Start, men valgte etter eget ønske å fullføre kontrakten sin med Sarpsborg 08 ut sesongen.[16]
