Han var sønn av Ole og Anne Kristine Amundsen, og far til Roald Amundsen, Jens Ole Amundsen, Leon Amundsen og Gustav Sahlquist Amundsen.
På begynnelsen av 1850-tallet kjøpte Jens og hans brødre i Amundsenrederiene et landområde på Vesten i Borge, like ved Sarpsborgs havn i Sannesund. På Hvidsten Østre bygget de fem hus i rask rekkefølge, en stor brygge til Glomma, utrustningsområde for sin seilskipsflåte og fikk hoveddelen av den internasjonale trelasteksporten for Hafslund og Borregaard. Jens Amundsen og hans brødre flyttet med sine familier inn i hvert sitt hus, flere av dem i "skipperhusstil". I huset som ble kalt "Tomta" ble Roald Amundsen født 16/7 1872. "Tomta" er i dag et museum. Hele eksteriøret og flere av rommene er uforandret siden byggeåret 1858.
I 1866 var Gustava med kaptein Amundsen på en reise fra Europa til Kina med barken "Konstantin". Vel framme i Macao ble Roalds eldste bror, Jens Ole født om bord. .På hjemreisen ble kaptein Amundsen overfalt under et mytteri blant de 300 kuliene som «Konstantin» skulle frakte fra Kina til Havanna i Karibia. Amundsen ble reddet av Christian Henriksen som var styrmannen ombord, men fikk et øksehugg i ansiktet og det sies at han siden hadde et karakteristisk arr fra øret og ned til munnviken.[2] Episoden er omtalt i Odd Arnesens biografi Roald Amundsen som han var, som ble utgitt første gang i 1929, i Olaf Ditlev-Simonsens selvbiografi En sjøgutt ser tilbake, og i Tor Bomann-Larsens store biografi Roald Amundsen – en biografi fra 1995. Bomann-Larsen føyet til at kaptein Jens Amundsen tvang mytteristene til å dømme sin opprørsleder til døden.
