Jeff Waters (født 1966) er en canadisk musiker. I 1984 startet han thrash metal-bandet Annihilator, som han selv er frontmann, låtskriver og hjernen bak. Debutalbumet Alice in Hell fra 1989 blir sett på som en av de beste albumene i sin sjanger, og bandet ga ut en solid andreplate kalt Never, Neverland året etter. I senere tid har bandets suksess gått litt i bølger, med jevne utskiftinger av bandmedlemmer. Jeff Waters er det eneste medlemmet som har vært medlem siden starten, og Annihilator blir sett på som «hans band». I dag skriver han alt materiale selv, og med hjelp fra den faste rytmegitaristen og vokalisten Dave Padden (medlem siden 2003) leier Waters inn musikere til sine turneene.
Som liten flyttet Jeff Waters rundt i Canada, ettersom hans far var med i militæret. Som 9-åring bosatte de seg fast i Ottawa, hvor han begynte å studere klassisk gitar.
På plata After forever som det nederlandske bandet After forever ga ut i 2007, er han gjestemusiker på et av sporene.