Han slo så inn på en yrkeskarriere som statstjenestemann (fylkesdirektør) i Hodonín. Han ble i 1912 sjef for stattholderskapets presidium i Mähren og hoffråd.
Etter omkalfatringen som fulgte etter første verdenskrig ble Černý engasjert i administrasjonen i Mähren. Ved den revolusjonære etablering av Tsjekkoslovakia[13][14] var han den høyestrangerende tsjekkisktalende keiserlige statstjenestemann i Mähren, og ble da leder for lokalregjeringen i den nye staten den 29. november 1918.
Statsminister
I perioden september 1920 til september 1921 var han Tsjekkoslovakias ministerpresident og innenriksminister i et forvaltningsministerium hvis hovedsakelige oppgave var å befeste statens autoritet fremfor alt overfor det ytterste venstre, som senere konstituerte seg som det tsjekkoslovakiske kommunistiske parti, og beholdt innenriksministerposten i den følgende av Edvard Beneš ledede parlamentariske regjering.
Senere dannet Jan Černý et ministerium en annen gang, for perioden 18. mars 1926 til 12. oktober 1926, og var også nå samtidig innenriksminister.
Senere virke
Han ble senere også minister for folkeforsørgingen. Fra 1928 til 1939 var han president for den mährisk-slesiske provins. Etter de tyske styrkers innmarsj i 1939 ble han tilsidesatt og pensjonert.
^Vyskočil, Aleš (2008). Státní úředník - příklad Jana Černého. I: Fasora, L., Malíř, J., Hanuš (eds.), J.: Člověk na Moravě 19. století. Brno, CDK. ISBN978-80-7325-147-5. s. 312-324
^Hugh, LeCaine Agnew (2004). The Czechs and the Lands of the Bohemian crown. Hoover, Stanford University. Chapter 11
^Macmillan Margaret (2003). Peacemakers. London, John Murray Press. Chapter 18
