Skrzynecki vendte tilbake til Warszawa og begynte forhandlinger med Russland, Preussen og Østerrike, men hæren og den folkelige opinionen var imot ham, og han ble fritatt fra stillingen av Henryk Dembiński, som han fortsatte å tjene under. Etter Warszawas fall sluttet han seg til general Samuel Różyckis tropper og reddet seg til territoriet til bystaten Kraków.[trenger referanse]
En tid var han ansatt i belgisk militær tjeneste, men ble plassert i en passiv stilling etter krav fra de tre delingsmaktene.[trenger referanse]
