Małachowski var stammet fra den polske adelsslekten Nałęcz.[trenger referanse] Hans oldefar, Mikołaj Małachowski (1519-1575), ga opphav til Małachowski-grenen av adelsslekten. Nevøen hans var Stanisław Małachowski, vojvod i Poznań.
Han ble presteviet i 1655 i Lwow. For sine tjenester som kapellan for kong Jan II Kasimir av Polen ble Małachowski utnevnt til sekretær for kronen i 1666.[4]
Biskop
Den 22. juni 1676 ble han i en alder av 53 år utnevnt til biskop av Chelmno (Kulm), og ble bispeviet 4. februar 1677. Den 12. mai 1681 ble han utnevnt til biskop av Kraków.
Hans forgjenger Andrzej Trzebicki vurderte å bringe lasaristene til Krakow. Biskop Małachowski fikk denne planen til å gå i oppfyllelse.[5] Han bragte også Visitasjonsordenen (salesianersøstrene) til Kraków og grunnla en klosterkirke for dem, Frans av Sales-kirken.[6]
Małachowski, introduserte som storkansler for kronen «Podatek wieczysty» for å beskatte 20 prosent av inntektene fra den kirkelige eiendom og 10 prosent av inntektene for adelseiendom.[7] I likhet med forgjengeren Andrzej Trzebicki forsøkte han å sette Louis II av Bourbon («den store Condé)» på den polske trone.[8]
Rybolt, J.E.: The Vincentians: A General History of the Congregation of the Mission (Volume 4. Expansions and Reactions: 1843 to 1878) (2014)
Butterwick, R.: The Polish Revolution and the Catholic Church, 1788-1792: A Political History (2012)
Nowobilski, J.A.: Treasures of the Archdiocese of Cracow (2000)
Uruszczak, W.: «Fakcje senatorskie w sierpniu 1668 roku», i: Parlament, prawo, ludzie, studia ofiarowane profesorowi Juliuszowi Bardachowi w sześćiesięciolecie pracy twórczej (1996)
Hennel-Bernasikowa, M.: Gobeliny katedry wawelskiej (1994)
Kórnik: Urzędnicy centralni i nadworni Polski XIV-XVIII wieku (1992)
