Han spilte sist for Dinamo Zagreb. Hans posisjon var midtbane, men han har også blitt benyttet som forsvarsspiller.
Bišćan begynte sin karriere i Dinamo Zagreb. I sesongen 1997/1998 ble han utlånt til NK Samobor, hvor han spilte tolv ligakamper og scoret ett mål. Han returnerte til Dinamo Zagreb året etter, og ble senere lagets kaptein.
Den 7. desember 2000 ble han hentet til Liverpool FC av manager Gérard Houllier for 5 500 000 pund. Han var i klubben frem til 1. juli 2005 etter å ha spilt 118 kamper og scoret tre mål for de røde.[hvem?] Han fikk vinnermedaljen da Liverpool vant Mesterligaen i Istanbul 2005, selv om han ikke fikk spille i selve finalen. Han hadde derimot spilt nok kamper tidligere i turneringen, slik at han kunne motta medaljen av daværende UEFA president Lennart Johansson.
Han signerte for Panathinaikos da han ble frigitt av Liverpool. Her ble han værende frem til 2007 da han på nytt signerte for Dinamo Zagreb.