Den 1. april 1938 overtok han kommandoen over Luftwaffen-Gruppenkommando III i München, som hadde betydelige flykrefter.
Annen verdenskrig
I 1940 ble han utnevnt til generalfeltmarskalk etter arbeidet sitt med Luftflotte 3 under slaget om Storbritannia fra juni 1940 til april 1941. Han forble med sine enheter i Frankrike de neste tre årene, og levde i luksus i Luxembourgpalasset i Paris. Hans hovedrolle i luftkrigen var imidlertid over.
Han ydet støtte til general Erwin Rommel i Nord-Afrika.
Hugo Sperrle fikk ut i 1944 overkommandoen over det tyske flyvåpen i Vest-Europa. Hans flystyrker var alvorlig hemmet av en mangel på fly, erfarne flyvere og brennstoff. I juni hadde han til disposisjon bare 319 operative fly; mens på alliert side nord for Den engelske kanal var det trukket sammen en alliert flystyrke på over 9000 fly.
Han mislyktes kort etter med å forhindre den vest-allierte invasjonen i Normandie i juni 1944, på grunn av de nevnte styrkeforhold, noe som førte til at han ble avsatt i august.
Gerhard Hümmelchen: Generalfeldmarschall Hugo Sperrle. In: Gerd R. Ueberschär (Hrsg.): Hitlers militärische Elite. Von den Anfängen des Regimes bis Kriegsbeginn. Band 1. Primus, Darmstadt 1998, ISBN 3-89678-083-2, S. 234–239.