Morgan startet sin karriere i amatørklubben Longriggend Wanderers før han ble hentet til St. Mirren. I mars1898 ble han kjøpt til Liverpool av manager Tom Watson. Han fikk sin debut for Anfield-klubben 2. april samme år i bortekampen mot Notts County på Trent Bridge, i en kamp Liverpool tapte 2-3. Hans første mål kom 9 dager senere, 9. april, i hjemmekampen mot The Wednesday, i en kamp Liverpool vant 4-0.
Sesongen etter ble han topscorer for de røde da han scoret 13 mål.