Hovedserien 1959-60 var navnet på det øverste nivået i det norske seriesystemet i fotball som gikk fra juli 1959 til juni 1960. Hovedserien var delt opp i to avdelinger med åtte lag i hver. Lillestrøm vant gruppe A foran Vålerengen mens Fredrikstad vant gruppe B foran Eik.
Sesongen ble avsluttet med finale den 15. juni 1960 og bronsefinale 16. juni. I bronsefinalen spilte Eik mot Vålerengen og vant denne 4–2. I finalen fikk Fredrikstad revansj fra finaletapet året før og vant 6–2 mot Lillestrøm.