Emil Fischer vokste opp i Euskirchen som de yngste barn og eneste sønn ved siden av seks døtre til Laurenz Fischer (1807–1902) og hans hustru Julie Poensgen (1819–1882), tanten til Düsseldorf-forretningsmannen Carl Poensgen.
I februar 1888 giftet han seg i Erlangen med Agnes Gerlach (ca. 1861–1895), datter av anatomiprofessor Joseph von Gerlach. Paret fikk tre barn: den senere kjemiker Hermann Fischer (1888–1960), Walter (1891–1916) og Alfred (1894–1917).[8][9]
To av hans mest kjente bøker er Untersuchungen über Aminosäuren, Polypeptide und Proteine (1906) og Anleitung zur Darstellung organischer Präparate (1887). Sammen med Jacob Volhard utgav han 1902 en biografi om August Wilhelm von Hofmann.
^www.academie-medecine.fr, oppført som Emil FISCHER, National Academy of Medicine (France) member ID 1316, besøkt 9. oktober 2017[Hentet fra Wikidata]
^abHrvatska enciklopedija, Hrvatska enciklopedija-ID 19716, oppført som Emil Herman Fischer[Hentet fra Wikidata]
^Proleksis Encyclopedia, oppført som Emil Hermann Fischer, Proleksis enciklopedija-ID 1165[Hentet fra Wikidata]
^Gran Enciclopèdia Catalana, oppført som Emil Fischer, Gran Enciclopèdia Catalana-ID 0027083[Hentet fra Wikidata]
^www.accademiadellescienze.it, Accademia delle Scienze di Torino ID emil-fischer, besøkt 1. desember 2020[Hentet fra Wikidata]
^Max Bergmann (Hrsg.), Emil Fischer: Aus meinem Leben. Geschrieben in dem Unglücksjahre 1918. Berlin, Julius Springer, 1922. Onlineversjon)
^Dörthe Kähler (Hrsg.), Andrea Tran-Betcke, Emil Fischer: Der Nobelpreisträger - Emil Fischer in Berlin. Eine Erkundungsreise. Verlag rainStein-Bibliothek, 2009, ISBN 978-3-940634-09-2