Henrik var sønn av Manuel I av Portugal og hans hustru Maria av Aragon, og yngre bror til Johan III, og som sådan ble det ikke forventet at han skulle kunne havne på den portugisiske trone.
Biskop, kardinal
Han lot seg ordinere og ble i 1526 prior av Coimbra og i 1538 erkebiskop av Braga og 1545 erkebiskop av Évora. I 1557 etterfulgte han sin bror Afonso de Portugal som abbed for det kongelige abbedi Alcobaça og ble i 1564 erkebiskop av Lisboa of primas av Portugal. I 1539 var han blitt generalinkvisitor og i 1545 kardinal. I 1561 ble han pavelig legat.
Etter Sebastians død i Marokko i 1578 ble han selv konge.
Han ble kreert til kardinal av pave Paul III den 16. desember1545. Som katolsk prest var han forpliktet til å leve i sølibat, men da han ble konge, søkte han paven om å bli fritatt for dette løftet, slik at han kunne gifte seg og produsere en arving til tronen. Søknaden ble aldri ferdigbehandlet; det er mulig at pave Gregor XIII lot saken hvile idet han ikke ville ta sjansen på å komme på kant med kongr Filip II av Spania.[3]
Kongen døde i en alder av 78 år uten å ha fått noen arvinger.
