Etter at anstalten ble oppløst i 1798 ved den franske okkupasjon av landet, ble Zschokke regjeringskommissar i Unterwalden og tilbake der raskt den gamle ordning, hvorpå hans fullmakt ble utvidet til Uri, Schwyz og Zug. I samme egenskap reorganiserte han i 1800 det italienske Sveits. Under en kortere tilforordning som regjeringskommissari i Basel avstyrte han et truende opprør. Han ble i 1804 innsatt i overstyret for skogs- og bergvesenet i Aargau, fikk borgerskap der og ble i 1814 innvalgt i det lovstiftende kantonalrådet. Zschokke virket innlytelserikt og i god ånd også ved sine utgivelser. Han ble overøst med offentlige oppdrag, mens man fra noen hold utmalte ham som revolusjonær og fritenker.
Tidlig forfatterskap
Til Zschokkes ungdomsarbeider hører skrekk- og ridderomantikken, Abällino, der grosse Bandit (1793), Kuno von Kylurg (1795–1799) og andre. Av hans teaterstykker kunne nevnes Julius von Sassen (1801) og Graf Monaldeschi (1803). Sistnevnte behandler en episode i dronning Kristinas historie. De tidshendelser som han har iakttatt på nært hold skildret han interessant i Geschichte vom Kamp und Untergang der schweizerischen Berg- und Waldkantone (1801) med flere arbeider. Sin innsikt i skogsvesenet vises i Der Gebirgsförster (2 bind, 1804). Hans folkeblad «Der aufrichtige und wohlerfahrene Schweizerbote» fikk stor spredning. Han utgav også et periodisk skrift, «Miscellen für die neueste Weltkunde» (1807–13) og dets fortsettelse «Überlieferungen zur Geschichte unserer Zeit» (1817–23), og fra 1811 månedsskriftet «Erheiterungen». Hans Geschichte des bayerischen Volks (4 bind, 1811–18) ble høyt skattet, og med Schweizerlands Geschichte für das Schweizervolk (1822) virket han for folkets politiske og moralske fremme.
Senere arbeider
Lesverdig er også hans illustrerte arbeid Die Schweiz in ihren klassischen Stellen und Hauptorten (3:. opplag 1860–1861). Også som novellist var Zschokke en sann folkets forfatter ved sitt sunne praktiske blikk, sikre karaktertegning, humane anskuelse og klare stil, og sin evne til komisk fargelegging. Best likt ble romanene Der Flüchtling im Jura (1824), Der Freihof von Aarau (1825) og Adderich im Moos (samme år), som viser påvirkning fra Walter Scott, og fortellingene Alamontade (1834), Das Goldmacherdorf (1833), Der Creole (1850) og Die Branntweinpest (1837). Sämtliche Novellen kom i 1904 i 12 bindr. Zschokkes iviktiske artbeide var imidlertid hans anonymt utgitte oppbyggelseverk Stunden der Andacht (8 bind, 1808–1816), som gav det fulleste uttrykk til rasjonalismen, skjønt uten gorsøk på å nedbrytr folkets gamle tro. Hans selvbiografi het Selbstschau (2 bind, 1842).
Johann Jakob Bäbler: Heinrich Zschokke. Ein Lebensbild. In: Vom Jura zum Schwarzwald. Geschichte, Sage, Land und Leute, 1 (1884), S. 81–118
Ilona T. Erdélyi: Der Schriftsteller und Volkserzieher Johann Heinrich Zschokke in Ungarn. In: Aarauer Neujahrsblätter, Bd. 62, 1988, S. 114–124 (Digitalisat).
Werner Ort: Heinrich Zschokke. Wegbereiter der Freiheit. In: Schweizer Monatshefte. Zeitschrift für Politik, Wirtschaft, Kultur. Heft 07/08, Juli/August 2007, S. 22 ff.
Heinz Sauerländer: Heinrich Zschokke und Heinrich Remigius Sauerländer, zwei Häupter der «Aarauer Partei». In: Aarauer Neujahrsblätter, Bd. 70, 1996, S. 4–35 (Digitalisat).
Paul Schaffroth: Heinrich Zschokke als Politiker und Publizist während der Restauration und Regeneration. In: Argovia. Jahresschrift der Historischen Gesellschaft des Kantons Aargau, Bd. 61 (1949), S. 5 ff. doi:10.5169/seals-59476
Gunter Schandera: Zschokke, Johann Heinrich Daniel. In: Guido Heinrich, Gunter Schandera (Hrsg.): Magdeburger Biographisches Lexikon 19. und 20. Jahrhundert. Biographisches Lexikon für die Landeshauptstadt Magdeburg und die Landkreise Bördekreis, Jerichower Land, Ohrekreis und Schönebeck. Scriptum, Magdeburg 2002, ISBN 3-933046-49-1).