Han vokste opp som bakersønn, men ønsket å bli maler. Han kom inn på Düsseldorfs kunstakademi i 1898. (Han ble forøvrig professor der mellom 1921 og 1937). Han brøt av der, og gikk til privatundervisning en periode, før han startet på kunstakademiet i Stuttgart1900 til 1902
Belgia og Berlin
Han slo seg deretter sammen med kunstnerkretsen rundt billedhoggeren George Minne som holdt til i den flamske landsbyen Sint Martens-Latem i nærheten av Gent.
Etter å ha giftet seg med kunstneren Marie von Malachowski i april 1905 dro paret til Paris hvor de i flere måneder studerte impresjonismen og opplevde fauvismen. Nauen ble da varig opptatt av blant andre van Gogh. Han dro deretter til Berlin, der hans kunstneriske gjennombrudd fortsatt lot vente på seg.
Han tilbragte de neste vår- og forsommersesongene ved Niederrhein eller ved utløpet av elven Maas. Han fikk seg et lite atelier ved Orbroich nær Krefeld. Han tok sitt storformatbilde «Die Ernte» (malt 1909) til Paris og fikk det stilt ut i 1910 og fikk et anerkjennende brev fra Henri Matisse.
Niederrhein / Brüggen
Familie- og stedsbåndene ble etterhvert sterke, og han flyttet fra Berlin i 1911 for å bosette seg permanent i nærheten av Brüggen. Han fikk leie en fløy av Dilbornslottet. Hagen og nærmiljøet ga opphav til fargesterke bilder. Han fikk god kontakt med det kunstneriske og kunstinteresserte miljøet i området, og fikk bl.a. besøk av Heinrich Campendonk, Erich Heckel, Franz Marc, Helmuth Macke og August Macke. Han hadde en beskytter og stor kunde i Walter Kaesbach, som senere ble direktør for Düsseldorf Kunstakademi.
Nauen var også en visitt til Paris i denne tiden, der han fikk med seg inntrykk fra de seneste verkene av Matisse, foruten den da nye retningen: kubismen. Han deltok med arbeider til en utstilling i Köln, som ble videreført av August Macke med temaet «rhinsk ekspresjonisme». Denne utstillingen ble holdt i «Bokhandelen Cohen» i Bonn.
Hans første separatutstilling ble holdt hos den førende avantgardist-kunsthandleren Alfred Flechtheim i hans Düsseldorf-galleri i 1914. Der ble hans store bildesyklus til Burg Drove presentert. Disse oljemaleriene på lerret, som han brukte to år på å lage, menes i dag å være hans ekspresjonistiske hovedverk. Bildene befinner seg i dag på Kaiser-Wilhelm-Museum i Krefeld.
Det nazistiske regimet erklærte hans kunst for entartet og flere av verkene ble stilt ut i 1937. Han ble fortrengt fra professoratet og nærmest tvangspensjonert. 112 verk er registrert som beslaglagt.[6]
Ekteparet flyttet til Kalkar ved venstre bredd av nedre Rhinen. Helsen var svekket de to siste årene han levde. Han er gravlagt i Kalkar. Hans venn Ewald Matare laget utkast til gravstein, som ble laget av Joseph Beuys.
