Etter endt videregående utdannelse fra hjemstedet Osnabrück, flyttet Abeken i 1827 for å begynne å studere ved universitetet i Berlin der han skulle studere teologi. Abeken kombinerte snart sine filosofiske og filologiske studier og han ble på denne tiden interessert i kunst og moderne litteratur. I 1834 ble Abeken utnevnt til kapellan for den prøyssiske ambassaden i Roma. Han giftet seg første gang på denne tiden, men bruden døde kort tid etter bryllupet.
Under krigen mellom Tyskland og Østerrike i 1866 samt under krigene mot Frankrike i 1870 og 1871, bodde Abeken i det prøyssiske militære hovedkvarter. En stor del av de tyske utsendingene fra denne tiden skal ha blitt skrevet av Abeken.[trenger referanse] Hans helse ble dårligere på disse reisene, og han døde etter en sykdom som hadde vart i flere måneder. Abeken var en sponsor for et arkeologisk institutt i Roma og han var et medlem av Archeological Society of Roma.[trenger referanse] Han grunnla en vennekrets som drev med gresk litteratur i Berlin.
Wolfgang Frischbier: Heinrich Abeken 1809–1872. Eine Biographie. Schöningh, Paderborn u. a. 2008, ISBN 978-3-506-76538-3 (Wissenschaftliche Reihe der Otto-von-Bismarck-Stiftung Bd. 9)
Wolfgang Frischbier: Heinrich Abeken (1809–1872). In: Lothar Gall, Ulrich Lappenküper (Hrsg.): Bismarcks Mitarbeiter. Schöningh, Paderborn 2009, S. 43–68
Wolfgang Frischbier: Heinrich Abekens Bedeutung für die preußische Expedition an den Nil (1842-1845). In: Ingelore Hafemann (Hrsg.): Preußen in Ägypten - Ägypten in Preußen, Kulturverlag Kadmos (Kaleidogramme, Bd. 59), Berlin 2010, S. 128–154
Abeken, Heinrich i: Maria Keipert, Peter Grupp (Hrsg.): Biographisches Handbuch des deutschen Auswärtigen Dienstes 1871–1945: Band 1 A-F, Ferdinand Schöningh, Paderborn u.a. 2000, ISBN 3-506-71840-1, S. 1 f.
