Freie Deutsche Jugend ble grunnlagt i 1936 som en tysk revolusjonær ungdomsbevegelse. Den var opprinnelig en del av den militanteantifascistiske bevegelsen og opererte fra hovedkvarter i Paris, Praha og senere London. Etter annen verdenskrig ble den grunnlagt i både Forbundsrepublikken Tyskland (Vest-Tyskland) og i DDR (Øst-Tyskland). I DDR ble den en masseorganisasjon som ungdom nærmest automatisk ble medlem av etter å ha tilhørt ungpionerbevegelsen Thälmann-pionerene, en tilsvarende organisasjon for barn. FDJ ble dermed en del av det kommunistiske DDR-regimets maktapparat. Organisasjonen ble forbudt i Vest-Tyskland i 1951 etter anklager om høyforræderi fordi organisasjonen gjennomførte en underskriftskampanje mot tysk gjenopprustning. I 1952 ble Phillip Müller, et av medlemmene av den da forbudte organisasjonen, skutt av vesttyske soldater under en ulovlig fredsdemonstrasjon og mange andre medlemmer ble fengslet, og, som de første siden krigens slutt, dømt til langvarige tukthus-straffer.
Etter gjenforeningen i 1990 forsvant omtrent alle organisasjonens medlemmer i det tidligere DDR. Selv om den formelt sett fremdeles er forbudt i Tyskland, har den et kontor som den deler med det tidligere kommunistpartiet PDS i Berlin og forsøker ikke å skjule sin (dog minimale) aktivitet. Den er imidlertid ikke offisielt anerkjent som ungdomsorganisasjon, da den fra et juridisk synspunkt ikke eksisterer.
Ledere
Den østtyske ungsosialistbevegelsens mest kjente leder var Erich Honecker, seinere generalsekretær i det østtyske kommunistpartiet SED og statsleder i DDR. Han ledet FDJ fra 1946 til 1955. Også Egon Krenz, som også seinere ble partisjef og formann i Øst-Tysklands statsråd i 1989, hadde en lederfortid i FDJ, der han styrte fra 1974 til 1983.